Т.е. получается что аппаратная часть всегда работает ?
Да... аппаратная часть всегда работает... если она настроена соответствующе... Что вас так удивило??? На этом и основаны фишки СТМ32... Так на таймерах, ДМА и периферии... можно вязать замысловатые аппаратные кренделя... если доступные ресурсы позволяют... Это не ПСОК... конечно... но всё же...
Подобные вопросы возникают из-за ограниченности описания работы таймеров в референсе... которая при аппаратном и софтварном воздействии имеют определённые различия... Но... как правило... подобными вопросами мало кто и заморачивается...