1. В проект нужно добавить 4 файла от Segger для работы с RTT. (например просто перетащить из тотал командера в workspaces проекта в папку src)
  SEGGER_RTT.c
  SEGGER_RTT.h
  SEGGER_RTT_Conf.h
  SEGGER_RTT_printf.c

Лежат они тут: c:\Program Files (x86)\SEGGER\JLink_V630j\Samples\RTT\RTT  эта папка появиться после установки утилит для работы с J-Link, версия в пути понятно что может быть другая.
Там же есть примеры использования: c:\Program Files (x86)\SEGGER\JLink_V630j\Samples\RTT\Examples.

2. Добавляем в проекте библиотеку #include "SEGGER_RTT.h"

3. Пишем что мы там хотим... типа такого

int main(void)
{

  SEGGER_RTT_ConfigUpBuffer(0, NULL, NULL, 0, SEGGER_RTT_MODE_BLOCK_IF_FIFO_FULL);

  SEGGER_RTT_WriteString(0, "SEGGER Real-Time-Terminal Sample\r\n\r\n");
  SEGGER_RTT_WriteString(0, "###### Testing SEGGER_printf() ######\r\n");

  SEGGER_RTT_printf(0, "printf Test: %%c,         'S' : %c.\r\n", 'S');
  SEGGER_RTT_printf(0, "printf Test: %%5c,        'E' : %5c.\r\n", 'E');
  SEGGER_RTT_printf(0, "printf Test: %%-5c,       'G' : %-5c.\r\n", 'G');
  SEGGER_RTT_printf(0, "printf Test: %%5.3c,      'G' : %-5c.\r\n", 'G');
  SEGGER_RTT_printf(0, "printf Test: %%.3c,       'E' : %-5c.\r\n", 'E');
  SEGGER_RTT_printf(0, "printf Test: %%c,         'R' : %c.\r\n", 'R');
  SEGGER_RTT_Write(0, 0, 0);
  SEGGER_RTT_Write(0, "01234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789\r\n", 82);

 while(1);
}

4. Запускаем проект на отладку. Он автоматически станет на паузу в функции main.

Теперь в главном меню запускаем View->Terminal в появившейся вкладке Terminal нажимаем кнопку Open a new terminal view

В появившемся окне

выбираем Telnet Terminal, далее выставляем настройки как на картинке

и нажимаем Ок, появиться сообщение что мы успешно подключились к отладчику

ну и результат выполнения нашей программы

После начала новой сессии отладки подключаться нужно вручную нажатием на кнопку Open Terminal на вкладке Terminal 1(мы ее создали), как автоматизировать пока не знаю.